檢測技術(shù)服務(wù):體內磷酸化位點(diǎn)鑒定--檢測技術(shù)服務(wù)詳情

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體內磷酸化的過(guò)程就是在激酶的催化作用下，將三磷酸腺苷（ATP）的磷酸根基團轉移到蛋白的氨基酸側鏈上，ATP隨之變?yōu)槎姿嵯佘眨ˋDP）。磷酸化修飾可以發(fā)生在多種氨基酸殘基上，主要集中在肽鏈中的酪氨酸、絲氨酸、蘇氨酸殘基上，這些殘基上具有游離的羥基，且本身不帶電荷，當磷酸化作用后，蛋白質(zhì)便具有了電荷，從而使結構發(fā)生變化，進(jìn)一步引起蛋白質(zhì)活性的變化。

體內磷酸化位點(diǎn)鑒定主要通過(guò)質(zhì)譜法進(jìn)行檢測分析，即通過(guò)特定的步驟（如抗體富集、金屬富集和凝集素富集等）獲得富集的修飾肽段，然后進(jìn)行串聯(lián)質(zhì)譜分析。在一次質(zhì)譜鑒定中可以可靠地鑒定數千種被修飾的多肽。但是對體內磷酸化位點(diǎn)的定位識別仍然較為武斷，對于某些修飾位點(diǎn)的鑒定可能并不可靠。質(zhì)譜檢測所得出的實(shí)際質(zhì)譜圖在處理過(guò)程中需要考慮的因素更為復雜，如質(zhì)譜中的噪音信號、磷酸化修飾中未修飾片段的中性丟失以及具有相同質(zhì)荷比的修飾后的氨基酸與非修飾氨基酸的區別等。

此外，在處理磷酸化蛋白質(zhì)樣品質(zhì)譜數據時(shí)，有必要對修飾位點(diǎn)進(jìn)行假陽(yáng)性率（false discovery rate，FDR）的控制。對于肽段磷酸位點(diǎn)鑒定來(lái)說(shuō)，可使用質(zhì)量可靠性算法評估磷酸化位點(diǎn)可信度，這種算法主要包括基于概率對鑒定質(zhì)量打分（如建立數據模型）和基于假陽(yáng)性率（如Target-Decoy算法）進(jìn)行計算。對于蛋白磷酸化修飾而言，錯誤定位率（false localization rate，FLR）沒(méi)有較好的實(shí)現方法，通常是通過(guò)合成肽段來(lái)評估，或者是針對僅包含一個(gè)修飾位點(diǎn)的肽段才有較好的效果。目前，可通過(guò)位點(diǎn)定位軟件試圖評估某個(gè)給定峰匹配到特定位點(diǎn)的概率，如A-Score算法等；或通過(guò)計算兩個(gè)修飾位點(diǎn)間的搜索引擎給的打分差值進(jìn)行評估。在選擇這些算法的過(guò)程中，要綜合考慮質(zhì)譜平臺檢測的類(lèi)型、搜庫算法與軟件的便捷性，從而為后續的分析提供較為可靠的磷酸化位點(diǎn)。

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