指排污單位向環(huán)境保護行政主管部門(mén)提出申請后,環(huán)境保護行政主管部門(mén)經(jīng)審查發(fā)放的允許排污單位排放一定數量污染物的憑證。排污許可證屬于環(huán)境保護許可證中的重要組成部分，而且被廣泛使用。排污許可證制度,是指有關(guān)排污許可證的申請、審核、頒發(fā)、中止、吊銷(xiāo)、監督管理和罰則等方面規定的總稱(chēng)。
1、依據不同：城市排水許可證依據《城市排水許可管理辦法》；排污許可證依據《排污許可證管理暫行規定》，北京這邊是依據《北京市排污許可證管理辦法》
2、發(fā)放范圍不同：城市排水許可證發(fā)放對象是向城市排水光武及其附屬排放污水的排水戶(hù)；排污許可證原則上包括所有向環(huán)境直接排放或間接排放污水和廢氣污染物的點(diǎn)源排污單位。
3、排放要求不同：僅對于城市納管排水戶(hù)來(lái)說(shuō)，城市排水許可證對其水量、入網(wǎng)水質(zhì)做了規定；排污許可證還增加了污染物總量控制的要求。
4、發(fā)證單位不同：城市排水許可證由城建部門(mén)負責發(fā)放；排污許可證由環(huán) 保 部 門(mén) 負責發(fā)放，
他們之間的聯(lián)系是：
1、城市納管排水戶(hù)應同時(shí)申領(lǐng)排污許可證和排水許可證。
2、城市納管排水戶(hù)排放污水必須同時(shí)滿(mǎn)足排污許可證和排水許可證的要求，即兩種許可證中嚴格的規定。